内陆渔业受到其他水和土地资源使用者的严重影响。因此，内陆渔业的管理需要采用生态系统方法，考虑到渔业内部及外部部门的生物、人类、经济和社会因素。利益相关者的参与以及通过能够设法满足社会多种需求和愿望的方式规划、发展和管理渔业是这种方法的一个特点。这种方法还优先考虑可持续性，以确保短期行动不会危及子孙后代从淡水/内陆水域生态系统所提供各种商品和服务中获益的选择。

粮农组织致力于通过生态系统方法促进内陆渔业的负责任管理。内陆渔业可以得到管理，但与其他资源使用者的对话中常常需要涉及这一问题。粮农组织还审查了环境因素的影响，包括气候变化，因为环境因素是内陆渔业生产力和抵御力的主要驱动因素。