用于储水的水库往往对鱼类生产造成不利影响：在下游，原因在于水流动态的改变，而在上游，原因在于相对较浅的自由流动生境向较深的静水生境的变化。水坝和水库的建造和管理往往未能考虑到粮食和营养安全以及与渔业相关的经济价值。通过适当的管理，数以百万计的小型水库及其相关灌溉指挥区可为增加内陆渔业产量提供潜在的巨大机会。通过积极管理水库以及水坝、蓄水区和下游的渔业控水结构的运作，可增加鱼类产量及相关经济机会。粮农组织就水库和小型水体在渔业领域的有效利用制定了一系列咨询文件。

其他咨询材料涵盖了为渔业改善河流与河漫滩之间连通性的问题，特别是大型水坝的鱼道。粮农组织还制定了关于生境恢复的准则。