غالبًا ما تؤثر الخزانات التي تشيّد لتخزين المياه تأثيرًا سلبيًا في الإنتاج السمكي: سواء في أعالي الأنهار، نتيجة تغيّر نطام تدّفق المياه أم في مصابّ الأنهار نتيجة تغيّر الموائل من تلك السطحية في المياه المتدفقة إلى تلك العميقة في المياه الراكدة. وغالبًا ما يفشل بناء السدود والخزانات وإدارتها في مراعاة اعتبارات الأمن الغذائي والتغذوي والقيم الاقتصادية المرتبطة بمصايد الأسماك. وتمثل الخزانات الصغيرة ومناطق الري الأساسية التي يحصى عددها بالملايين، إذا ما تمت إدارتها على نحو ملائم، فرصةً ضخمةً محتملةً لزيادة الإنتاج السمكي في المياه الداخلية. ويمكن زيادة محاصيل الأسماك والفرص الاقتصادية ذات الصلة من خلال إدارة الخزانات وتشغيل السدود والهياكل الأساسية للتحكّم في المياه في مصايد الأسماك سواء في الخزانات أو في المصابّ. وقد أعدّت منظمة الأغذية والزراعة وثائق إرشادية بشأن الاستخدام الفعّال للخزانات والمسطحات المائية الصغيرة في مجال مصايد الأسماك.

وثمة مواد إرشادية أخرى تغطّي القضايا المرتبطة بتحسين الصلات بين الأنهار والسهول الفيضية لمصايد الأسماك ولا سيما في ما يتعلق بممرات الأسماك في السدود الكبيرة. وكذلك تم إعداد الخطوط التوجيهية بشأن إعادة تأهيل الموائل.