تشكّل المياه العذبة أحد النظم الإيكولوجية الأكثر تضررًا جراء الأنشطة البشرية. وتشمل التأثيرات الرئيسية المترتبة على التنوع البيولوجي التلوث وفقدان الموائل وتدهورها وجفاف الأراضي الرطبة وتجزئة الأنهار وسوء إدارة الأراضي. ويمكن للتنوع البيولوجي للأسماك أن يكون مؤشرًا عن سلامة النظام الإيكولوجي. ويتعرض التنوع البيولوجي للمياه العذبة للتهديدات وقد تراجع في العديد من المناطق نتيجة هذه التأثيرات.

وتمثل النظم الإيكولوجية المائية (الداخلية والبحرية) أهم المصادر المتنوعة بيولوجيًا للأغذية التي يستهلكها الإنسان. وهي تشمل أنواع النباتات الوعائية والطحالب والحيوانات مثل القشريات والرخويات والزواحف والبرمائيات والزعنفيات. ولا تغطّي النظم الإيكولوجية للمياه العذبة سوى ما يقارب واحد (1) في المائة من سطح الأرض، ولكنها توفّر الموائل لأكثر من 40 في المائة (000 13 نوع) من أنواع أسماك المياه العذبة في العالم. ويمكن لألفي (000 2) نوع آخر من الأسماك أن يعيش أيضًا في المياه المتوسطة الملوحة.

وتتضمن المناطق المدارية الجديدة أعلى مستويات تنوع بيولوجي للأسماك، وتمثّل الأنهار والأراضي الرطبة والسهول الفيضية المدارية وشبه المدارية المناطق الإيكولوجية التي تتميز بأعلى مستويات التنوع البيولوجي. وتشكّل حقول الأرزّ مصدرًا هامًا للتنوع البيولوجي وتشمل أكثر من 200 نوع من الأسماك والحشرات والقشريات والرخويات والزواحف والبرمائيات والنباتات (بالإضافة إلى الأرزّ) التي تستخدمها المجتمعات المحلية.

وتتّسم أنواع عديدة من أنواع المياه العذبة بأهمية في قطاع تربية الأحياء المائية باعتبارها مصدرًا لأسماك التفريخ لوضع البيض والمراحل الأولى من عمر الأسماك (مثل البيض واليرقات) وتربيتها. ويمكن للأنواع المائية غير المتوطنة أن تسهم إسهامًا كبيرًا في إنتاج مصايد الأسماك وتربية الأحياء المائية الداخلية وقيمتها.