Las aguas dulces son uno de los ecosistemas más afectados por la actividad humana. Algunos de sus efectos más importantes sobre la biodiversidad son la contaminación, la pérdida y degradación de hábitats, el drenaje de humedales, la fragmentación de los ríos y una deficiente gestión del suelo. La biodiversidad de los peces puede servir, y de hecho así se utiliza, como indicador de la salud del ecosistema. La biodiversidad de las aguas dulces está en peligro y ha disminuido en muchas zonas como resultado de los efectos mencionados.

Los ecosistemas acuáticos (continentales y marinos) constituyen la fuente de alimentos consumidos por los seres humanos que presenta mayor biodiversidad. Se incluyen aquí las plantas vasculares y las algas, además de animales como los crustáceos, moluscos, reptiles, anfibios y peces de escama. Los ecosistemas de agua dulce ocupan solamente en torno al 1 % de la superficie terrestre, pero proporcionan un hábitat a más del 40 % (13 000) de las especies de peces de agua dulce de todo el mundo. Otras 2 000 especies de peces pueden vivir también en aguas salobres.

Las regiones neotropicales contienen los niveles más elevados de biodiversidad de peces, y las zonas de anegamiento, ríos y humedales tropicales y subtropicales son las ecorregiones con niveles más altos de biodiversidad. Los campos de arroz son una importante fuente de biodiversidad; viven en ellos más de 200 especies de peces, insectos, crustáceos, moluscos, reptiles, anfibios y plantas (además del arroz) que son utilizados por las comunidades locales.

Muchas especies de agua dulce son importantes para la industria de la acuicultura como fuente de reproductores para desove y de ejemplares en fases tempranas del ciclo vital (por ejemplo, huevos y larvas) destinados a la cría. Las especies acuáticas no autóctonas pueden contribuir de manera significativa a la producción y el valor de la pesca continental y la acuicultura.