Los embalses, construidos para almacenar agua, a menudo afectan negativamente a la producción pesquera ya sea aguas abajo, como consecuencia de la modificación del régimen de caudal, que aguas arriba, debido a la transición de un hábitat de aguas relativamente poco profundas que fluyen libremente a un hábitat de aguas profundas y tranquilas. La construcción y gestión de presas y embalses no suele tener en cuenta la seguridad alimentaria y nutricional ni los valores económicos asociados a la pesca. Con una gestión adecuada, los muchos millones de pequeños embalses y sus correspondientes zonas de riego representan una oportunidad potencialmente enorme para incrementar la producción pesquera continental. Los rendimientos pesqueros y las oportunidades económicas conexas pueden incrementarse mediante una gestión proactiva de los embalses y el funcionamiento de las presas y estructuras de control hídrico para la pesca, tanto en el propio embalse como aguas abajo. La FAO ha elaborado una serie de documentos de asesoramiento sobre el uso eficaz de los embalses y las pequeñas masas de agua para la pesca.

En otros materiales de asesoramiento se abordan cuestiones como la de mejorar la conectividad de los ríos y llanuras inundables para la pesca, en particular con respecto al paso de peces en las grandes presas. Asimismo, se han elaborado directrices sobre la rehabilitación de hábitats.