Сильное воздействие на сектор оказывают другие пользователи водных и земельных ресурсов. Исходя из этого, управление рыболовством во внутренних водоемах требует применения экосистемного подхода, в рамках которого должно учитываться воздействие как на факторы биологического, антропогенного, экономического и социального характера в данном секторе, так и на другие сектора. Одно из основных требований экосистемного подхода – привлечение соответствующих заинтересованных сторон, планирование, развитие и управление рыболовством с учетом необходимости удовлетворить множественные нужды и потребности различных сообществ. Кроме того, в рамках рассматриваемого подхода приоритетом является обеспечение устойчивости: краткосрочные меры не должны ограничивать возможности будущих поколений в плане пользования всей гаммой продуктов и услуг экосистем пресноводных и прочих внутренних водоемов.

Деятельность ФАО направлена на содействие устойчивому управлению рыболовством во внутренних водоемах за счет реализации экосистемного подхода. Управлять рыболовством во внутренних водоемах возможно, но соответствующие вопросы следует решать совместно с другими пользователями ресурсов. Кроме того, ФАО анализирует воздействие природных факторов, в первую очередь изменения климата – это важнейшие драйверы продуктивности рыболовства во внутренних водоемах и его устойчивости к внешним воздействиям.