Les Commissions sont des enceintes permettant aux États Membres de voter directement sur les questions techniques relatives à leurs mandats. Ces instances font en sorte que les questions relevant de leurs divers mandats continuent à retenir l'attention sans que celle-ci ne soit détournée en raison des situations de crise hautement prioritaires. Les Commissions prennent aussi part activement aux projets en cours, que ce soit à l'échelle des États Membres ou dans les régions.
Deux Commissions régionales de la FAO sont gérées par la Division de la production et de la santé animales (AGA). Les Commissions régionales sont des instances créées en vertu d'un accord entre les États Membres de la FAO et établies par le Conseil de l'Organisation conformément aux dispositions de l'Acte constitutif de celle-ci.
La Commission européenne de lutte contre la fièvre aphteuse (EuFMD) a été créée en 1954, à une époque où cette maladie faisait des ravages dans l'Europe de l'après-guerre. Son Secrétariat est installé à la FAO, mais les membres de la Commission sont les pays européens. La Commission a pour but essentiel de stimuler la coopération entre les États Membres et de coordonner leurs efforts de prévention de la fièvre aphteuse et de lutte contre celle-ci. Elle a également pour tâche de fournir des compétences techniques, des informations d'ordre épidémiologique et des avis aux États Membres et d'aider à élaborer des normes internationales et à assurer l'harmonisation. Elle s'efforce de tirer le meilleur parti de ses propres capacités et de celles de la FAO pour combler le fossé entre les pays indemnes et les autres pays de façon à aider à répondre aux besoins de ces deux groupes.
La Commission de la production et de la santé animales pour l'Asie et le Pacifique (APHCA) a été créée par la FAO et elle est devenue opérationnelle en décembre 1975, lorsqu'on s'est mieux rendu compte du rôle essentiel que jouait l'élevage dans le soutien de l'agriculture de l'Asie et de la possibilité qu'il avait d'améliorer les revenus, de créer des emplois en milieu rural et d'élever le niveau de vie de millions de petits agriculteurs. Cette Commission a pour finalité de promouvoir le développement de l'élevage en général, et plus précisément d'encourager les programmes de recherche nationaux et internationaux relatifs à l'élevage et aux problèmes de santé animale. Les programmes régionaux et nationaux d'élevage sont fondés sur l'autosuffisance collective et l'assistance mutuelle au sein de la région. La Commission est également chargée de promouvoir la production de l'élevage en tant que secteur et dans le cadre du système agricole reposant sur l'autosuffisance à l'échelle de l'exploitation. Elle a aussi pour objectif d'améliorer l'état nutritionnel et d'élever le niveau de vie des petits agriculteurs et des communautés rurales grâce à une exploitation optimale des ressources pour le développement de l'élevage.
La Commission des ressources génétiques pour l'alimentation et l'agriculture (CRGAA), initialement créée en 1983 en tant que Commission des ressources phytogénétiques par la Conférence de la FAO, a été investie, en 1995, par une nouvelle résolution de la FAO, d'un mandat plus large englobant l'ensemble des éléments de la biodiversité agricole intéressant l'alimentation et l'agriculture et elle a en conséquence pris le nouveau titre de Commission des ressources génétiques pour l'alimentation et l'agriculture (CRGAA). Son Secrétariat se trouve au Siège de la FAO. La Commission est une enceinte permanente permettant aux gouvernements de procéder à des débats et à des négociations au sujet de questions en rapport avec les ressources génétiques pour l'alimentation et l'agriculture. Ses principaux objectifs consistent à assurer la conservation et l'utilisation durable des ressources génétiques pour l'alimentation et l'agriculture, ainsi que le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation, au bénéfice des générations actuelles et à venir. La Commission s'efforce de parvenir à un consensus international sur les questions présentant un intérêt mondial, et elle opère dans le cadre de son programme de travail pluriannuel. La Division de la production et de la santé animales assure le secrétariat technique du Groupe de travail technique intergouvernemental sur les ressources zoogénétiques, qui est un organe subsidiaire de la Commission.