Una supervisión eficaz en términos de costos es imprescindible para justificar la inversión por parte de los beneficiarios de los servicios ecosistémicos (SE), sean estos públicos o privados. Tanto los inversionistas como los beneficiarios de los SE necesitan estar informados sobre si sus fondos están proporcionando una asistencia eficaz para la transición de los agricultores a una agricultura sostenible y para generar el servicio ecosistémico esperado. 

No todos los servicios ecosistémicos tienen los mismos requisitos de seguimiento. Así por ejemplo, si bien se pueden estimar fácilmente los niveles de captura de carbono en árboles jóvenes de crecimiento rápido por medio de ecuaciones alométricas, la detección de los cambios en la cantidad y la calidad del agua puede tardar varias décadas. Las relaciones entre el manejo del suelo y la hidrología son particularmente complejas, son específicas a cada lugar y pueden suscitar malentendidos, pudiendo ser necesario llevar a cabo mediciones más exhaustivas y específicas en el lugar por períodos prolongados para obtener datos fiables.

Es necesario establecer un marco de supervisión desde el inicio, que permita una comparación con los resultados que se vayan alcanzando progresivamente. Con posterioridad, los indicadores podrán ser utilizados para medir los impactos medioambientales y socioeconómicos de los ISE. Los impactos socioeconómicos pueden identificarse mediante métodos de investigación participativa, tales como encuestas domiciliarias, grupos de discusión, mapeos y métodos de clasificación, mientras que los impactos ambientales, pueden identificarse a través de encuestas de terreno y encuestas basadas en la teledetección, entre otras.