El Marco de Evaluación de Sistemas de Manejo de Recursos Naturales Incorporando Indicadores de Sustentabilidad (MESMIS) se utilizó para evaluar comparativamente la sustentabilidad de dos unidades de producción de cacao en el municipio de Comalcalco, Tabasco durante 2006. El método de estudio de casos se empleó mediante la combinación de enfoques cuantitativos y cualitativos de investigación, e incorporando métodos y herramientas participativas. Dos unidades de producción familiares de cacao se seleccionaron por medio de informantes clave; una con manejo orgánico y otra con manejo convencional. La sustentabilidad fue evaluada con 22 indicadores definidos a partir de la identificación de puntos críticos en cada caso, aplicando ejercicios participativos con los productores. El análisis de los resultados se abordó bajo las categorías de los atributos y las dimensiones de sustentabilidad. Los resultados de la comparación indican una mayor sustentabilidad para el caso orgánico con 67.75 %, ya que en el convencional fue de 47.32 %. El caso orgánico se acercó más a los valores deseables debido a sus valores en los atributos de adaptabilidad, equidad y autogestión. En el análisis por dimensión de sustentabilidad, el caso orgánico obtuvo resultados más elevados de sustentabilidad, especialmente en la dimensión ambiental. Ambos sistemas pueden mejorar su nivel de sustentabilidad si se realiza un manejo agroecológico integral que contemple la actualización de los conocimientos y habilidades a través de la asistencia profesional, la participación en los mercados locales y fomente la autonomía de las unidades de producción.