La mayor eficiencia en el uso de los recursos es una propiedad emergente de los sistemas agroecológicos que planifican y gestionan detenidamente la diversidad con miras a crear sinergias entre diferentes componentes del sistema. Por ejemplo, uno de los principales desafíos en materia de eficiencia es que menos del 50 por ciento del fertilizante nitrogenado añadido a escala mundial a la tierra de cultivo se convierte en productos cosechados y el resto se libera al medio ambiente causando importantes problemas medioambientales.

Los sistemas agroecológicos mejoran el uso de los recursos naturales, en especial de los que abundan y son gratuitos, como la radiación solar y el carbono y nitrógeno de la atmósfera. Mejorando los procesos biológicos y reciclando la biomasa, los nutrientes y el agua, los productores pueden utilizar menos recursos externos, lo que reduce los costos y los efectos ambientales negativos de su uso. En última instancia, reducir la dependencia de los recursos externos empodera a los productores aumentando su autonomía y su resiliencia ante las perturbaciones naturales o económicas.

Una manera de medir la eficiencia de los sistemas integrados es utilizando la relación equivalente de tierra (LER). La LER compara los rendimientos de los cultivos de dos o más componentes (por ejemplo, cultivos, árboles y animales) con los que se obtienen al cultivar los mismos componentes en monocultivos. Los sistemas agroecológicos integrados a menudo demuestran LER más altas.

En consecuencia, la agroecología promueve sistemas agrícolas con la diversidad biológica, socioeconómica e institucional y el ajuste al tiempo y el espacio que se necesitan para apoyar una mayor eficiencia.