El desperdicio es un concepto humano: en los ecosistemas naturales no existe. Al imitar los ecosistemas naturales, las prácticas agroecológicas favorecen los procesos biológicos que impulsan el reciclaje de los nutrientes, la biomasa y el agua de los sistemas de producción, con lo que se aumenta la eficiencia en el uso de los recursos y se reduce al mínimo el desperdicio y la contaminación.

El reciclaje puede llevarse a cabo tanto en las explotaciones agrícolas como en los territorios a través de la diversificación y la creación de sinergias entre diferentes componentes y actividades. Por ejemplo, los sistemas agroforestales que incluyen árboles de raíces profundas pueden capturar nutrientes a los que no llegan las raíces de cultivos anuales. Los sistemas agropecuarios promueven el reciclaje de materia orgánica utilizando el estiércol para la preparación de compost o directamente como fertilizante y los residuos de cosecha y subproductos para alimentación animal. El ciclo de los elementos nutritivos representa un 51 por ciento del valor económico de todos los servicios ecosistémicos no relacionados con el suministro y la integración de la ganadería cumple una función destacada en este sentido. Análogamente, en los sistemas de cría de peces en arrozales, los animales acuáticos ayudan a fertilizar el cultivo del arroz y reducir las plagas, con lo que disminuye la necesidad de utilizar fertilizantes o plaguicidas externos.

El reciclado reporta múltiples beneficios al cerrar los ciclos y reducir el desperdicio, lo que se traduce en una menor dependencia de los recursos externos y esto, a su vez, aumenta la autonomía de los productores y reduce su vulnerabilidad a las perturbaciones del mercado y el clima. Reciclar materiales orgánicos y subproductos encierra enormes posibilidades en lo que a innovaciones agroecológicas se refiere.