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自1930年代起，生态农业成为一门学科，最初主要是大田和地块规模，重点关注生态系统要素与农业要素之间的生物互相作用。从这个视角，把农场视为由生态力量推动的生态系统，发展了新的管理方法，这些方法原本不会被考虑。其中一个重要例证是，通过恢复自然平衡管理有害生物。
随着生态领域发展，生态农业也扩大范围，生态原则在超出大田范围、包括景观和社区在内的农业生态系统的设计和管理方面发挥作用。生态农业日益涵盖作为生态农业支柱的社区社会组织。几十年来，生态农业应用和推广主要是通过农民之间传播以及研究人员支持此类农民创新实现的。
作为一门科学学科，生态农业并非指令性质；不提供方法或技术包，而是基于基本生态农业原理在当地的应用。粮农组织的生态农业框架基于以下要素：多样性、共同创造和分享知识、协同增效、效率、循环利用、韧性、人类和社会价值、文化和粮食传统、负责任治理、循环和互助经济。为实现生态农业或向生态农业转型，始终根据具体地点和具体社会生态情形选择管理方法和技术。
生态农业明确承认自下而上的参与性研究和知识的价值，并促进：(i) 在正规和非正规创新过程之间架起桥梁；(ii) 将地方知识体系和专门知识与科学知识相结合；(iii) 承认并尊重农民和粮食供应方是知识的拥有者、共同研究者和创新者。
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