保持土壤有机物覆盖是保护性农业的基本原则。作物残茬可以留在土壤表面，但如果收获一种作物和种植下一种作物的间隔时间太长，则可能需要覆盖作物。覆盖作物提高了保护性农业系统的稳定性，不仅可以改善土壤性质，还增加了农业生态系统的生物多样性。

虽然商品化作物具有市场价值，但种植覆盖作物主要是因为它们对土壤肥力的贡献或作为牲畜饲料。 在生物质产量较少的地区，例如半干旱地区或土壤被侵蚀和退化的地区，覆盖作物是有益的，因为它们：

• 在休耕期间保护土壤。
• 调动和促进养分循环。
• 改善土壤结构，缓解土壤板结和打破犁底层。
• 允许在单一栽培系统中轮作。
• 可用于控制杂草和病虫害。

覆盖作物在休耕期间种植，在商品作物的收获和种植之间，利用剩余的土壤水分。覆盖作物的生长在下一季作物播种之前或在播种下一季作物之后，但在两种作物的竞争开始之前被中断。覆盖作物促进作物生产，但也带来了一些挑战。

覆盖作物可用于：

• 在没有作物时保护土壤。
• 提供额外的有机物以改善土壤结构。
• 循环利用养分（特别是P₂О₅ 和K₂О）并在土壤剖面中调动养分，使它们更容易被后续作物利用。
• 对土壤进行“生物耕作”；一些作物的根部，特别是萝卜等十字花科作物的根部很关键，能够穿透板结的或非常致密的土层，增加土壤的水分渗透能力。
• 利用容易浸出的养分（尤其是N）。

具有不同根系的各种植物在剖面内探索不同的土壤深度。 它们还可能具有吸收不同数量的营养物质并产生不同的根系分泌物（有机酸）的能力，从而对土壤和生物体都有好处。

保护性农业中的覆盖层（枯死的植被）可防止土壤水分蒸发，并使更多的水渗入土壤剖面。渗入土壤的雨水百分比取决于土壤覆盖量。

由于不同的覆盖作物产生不同量的生物质，不同作物的残茬密度不同，从而增加水分入渗的能力也不同。

在保护性农业中，植被覆盖对于保护土壤免受雨滴影响很重要；保持土壤遮荫；并保持尽可能高的水分含量。我们已经看到了植被覆盖对养分循环的重要性； 但其对杂草也有物理作用和可能的化感作用，可降低杂草发生率并减少农用化学品的使用，从而降低了生产成本。

秸秆残留物起到缓冲作用，可以降低车轮和蹄下对土壤的压力，因此在减少土壤板结方面起着重要作用。