本文综述了我国农业生态学的发展过程与演化特点, 并站在国际视野上分析了现代农业生态学发展趋势, 着重提出农业生态学正从宏观与微观两个层面不断拓展, 并把研究引向深入。从宏观层次上讲, 农业生态学正从已往的宏观农业生物学层面逐步深入到“三农”的社会学层面, 研究水平从以往关注农业生态系统结构与功能的关系逐步发展到人们普遍关心的食物系统(food system), 即从生态经济学角度研究农业生态系统能物流形成与运转对经济社会发展的影响以及社会政策法规对食物系统的调控作用。也就是说, 现代农业生态学越来越重视人类社会生态觉醒对保护农业生态系统环境, 促进无污染生产及市场营销的重要作用。因此, 在当代西方国家, 许多农业生态学工作者十分重视通过各种社区运动(movement)或行动(action)来促进政府、生产部门、销售部门以及相关管理部门接受农业生态学思想, 自觉按照生态规律办事, 保证食物生产系统健康高效运行, 这已成为现代农业生态学教学科研和生产实践的重要内容, 涉及科学理论研究-实验示范推广-各种联盟运动推进-社会公众自觉参与等全过程, 体现了现代农业生态学的时代特征。从微观层次上讲, 现代农业生态学正进入农业分子生态学时代, 它借助现代生物学的发展成就, 运用系统生物学的理论与技术, 深入研究农业生态系统结构与功能的关系及其分子生态学机制。特别是随着现代生物技术的不断完善, 环境(宏)基因组学、蛋白组学技术的问世, 极大地推进了人们对未知生物世界的认知, 尤其是对生物多样性和基因多样性的深层次剖析, 使得农业生态学能从分子水平上深入研究系统演化的过程与机制, 促进从定性半定量描述向定量和机理性研究推进。客观上要求农业生态学工作者必须与时俱进, 不断完善自己的知识结构, 提高现代科学研究技能, 只有这样才能自觉接受新的科学知识, 促进传统科学向现代科学提升。本文特以例证分析了这一科学发展的必须性和重要性, 旨在引发广大同行的反思与共鸣。