Los municipios y cuencas donde el programa se implementa fueron seleccionados con base en su vulnerabilidad climática, en la etapa de formulación del programa.
Costa Rica
- Cuenca: Tempisque
- Cantones: Liberia, Nicoya, Santa Cruz, Bagaces, Carrillo
El Salvador
- Cuenca: Río Grande San Miguel
- Distritos: Concepción Batres, Jucuarán, El Carmen, El Tránsito, San Miguel
Guatemala
- Cuenca: Río Salinas
- Municipios: Zacualpa, San Andrés Sajcabajá, San Miguel Uspatán, Chicaman y Canilla
Honduras
- Cuenca: Choluteca
- Municipios: Choluteca, Apacilagua, Orocuina, Morolica, Duyure, Liure, Soledad
Panamá
- Cuenca: Ríos entre El Tonosí y La Villa
- Distritos: Guararé, Macarcas, Pedasí, Pocrí, Tonosí, Los Santos, Las Tablas
República Dominicana
- Sub Cuenca: Mao y Guayubín
- Municipios: Monción, Villa Los Almacigos, San Ignacio de la Sabaneta, El Pino, Partido