في حزيران/يونيو من العام 2002، تمَّ اعتماد البرنامج الشامل للتنمية الزراعية في أفريقيا للشراكة الجديدة للتنمية في أفريقيا من قِبل الوزراء الأفارقة الذين اجتمعوا في المؤتمر الإقليمي لمنظمة الأغذية والزراعة لأفريقيا.

يقدِّم البرنامج الشامل للتنمية الزراعية في أفريقيا إطار لاسترجاع النمو الزراعي، التنمية الريفية والأمن الغذائي في الإقليم الأفريقي. يشتمل البرنامج على أربع مجالات تركيز رئيسية، كما تُدعى ركائز، من أجل الاستثمار والتطوير الزراعي. الركيزة الأولى تتناول إدارة الأراضي والمياه، وتسعى إلى توسيع مجال الإدارة المُستَدامة للأراضي وأنظمة التحكم بالمياه الموثوقة.

بعد عام، في مابوتو-موزمبيق، تعهد رؤساء حكومات دول الاتحاد الأفريقي بتخصيص عشرة بالمئة على الأقل من موارد ميزانياتهم المحلية من أجل الزراعة والتنمية الريفية.

بناءً على أهداف البرنامج الشامل للتنمية الزراعية في أفريقيا و تعهدات الدول وكاستجابةً لانخفاض مستوى الاستثمار في المياه الزراعية، اجتمع البنك الأفريقي للتنمية، منظمة الأغذية والزراعة، الصندوق الدولي للتنمية الزراعية، المعهد الدولي لإدارة المياه والبنك الدولي في 2007 وقاموا معاً بإعداد استراتيجية تعاونية للمياه الزراعية: "الاستثمار في المياه الزراعية من أجل تخفيض معدل الفقر والنمو الاقتصادي في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى". بهدف تشجيع إدارة المياه الزراعية وتنشيط الاهتمام بإدارة المياه الزراعية في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى، استعرضت الاستراتيجية الخبرات المكتسبة حتى الآن في استثمار المياه الزراعية في الإقليم وحدّدت الشروط اللازمة لنجاح الاستثمار في تنمية مستدامة وفعالة من حيث التكلفة للمياه الزراعية. لقد تمَّ تقديم هذه الاستراتيجية لأول مرة في ورشة عمل عُقِدَت في آذار/مارس 2007 في واغودوغو-بوركينا فاسو. وقد حضر ورشة العمل أكثر من 130 من الخبراء والمدراء من 32 دولة أفريقية والذين دعوا إلى استثمار حقيقي في المياه من أجل زيادة الإنتاج الغذائي وتحقيق الهدف الأول من أهداف التنمية الألفية.

في آذار/مارس 2008، خلال أسبوع المياه الأفريقي الأول، دعا مجلس الوزراء الأفارقة المعني بالمياه الشراكة الجديدة للتنمية الأفريقية إلى إنشاء شراكة جديدة-الشراكة من أجل المياه الزراعية في أفريقيا- والتي سوف تعيد ارتباط الدول الأفريقية، الجهات المانحة، إضافةً إلى المنظمات الإقليمية والدولية العاملة في تنمية موارد المياه من أجل الإنتاج الغذائي، النمو الاقتصادي وتخفيض معدل الفقر. تمَّ تدشين الشراكة في نفس الأسبوع وقد عُقد اجتماع في تشرين الثاني/نوفمبر 2008 من أجل تحديد وظائف الشراكة، كما عُقِد اجتماع آخر بعد شهر في مدينة سرت (ليبيا) خلال المؤتمر الوزاري حول المياه من أجل الزراعة والطاقة في أفريقيا وذلك من أجل الاتفاق على وثيقة الشراكة.

أسست أمانة عامة مؤقتة للشراكة في البنك الأفريقي للتنمية في آذار/مارس 2010. وعقب تفعيل تلك الأمانة العامة، وضعت اللبنات الأساسية للشراكة ليصار إلى تشغيلها كمنصة للتعاون في مجال إدارة المياه المخصصة للزراعة والمشاريع المشتركة. وبعد المشاورات مع المناطق الأفريقية دون الإقليمية والتحليلات اللازمة حول حالة الترويج لإدارة المياه المخصصة للزراعة في أفريقيا، أعيد إطلاق الشراكة خلال اجتماع جميع أطراف الشراكة في كانون الأول/يناير 2011، حيث تم اتخاذ قرارات أساسية حول سبل تطوير الشراكة بما في ذلك البنى الإدارية للشراكة، وأنشطة التأييد والتواصل، فضلاً عن اتخاذ خطوات مهمة أخرى. وفد أحرز تقدم على صعيد نضوج الشراكة عام 2011، لا سيما من خلال نقل أمانة الشراكة إلى المكتب دون الإقليمي لمنظمة الأغذية والزراعة في شرق أفريقيا الواقع في أديس أبابا، وتشغيلها بشكل كامل بفضل منحة قدمها الصندوق الدولي للتنمية.