Les commissions régionales se réunissent tous les deux ans; elles reçoivent une allocation budgétaire spécifique de la FAO, et bénéficient des services d'un Secrétaire technique chargé de l'ensemble de leurs opérations.

• Commission de l'agriculture et de l'utilisation des terres et des eaux (ALAWUC) La Commission de l'agriculture et de l'utilisation des terres et des eaux offre une tribune dans laquelle les Etats membres peuvent échanger des informations et des expériences sur des sujets de préoccupations majeurs en rapport avec l'agriculture, l'utilisation des terres et de l'eau. La Commission promeut la coopération régionale et sous régionale pour surmonter les problèmes relatifs à la gestion des ressources hydriques, à l'utilisation durable des terres et à la conservation des ressources en terres et en eau dans la région.
• Commission régionale des Pêches (CORÉPÊCHES) La mission de la Commission régionale des pêches est de promouvoir le développement, la conservation, la bonne gouvernance et une meilleure utilisation des ressources marines vivantes, ainsi que le développement durable de l’aquaculture dans le Golfe et la mer d’Oman.
• Commission des forêts et des parcours pour le Proche-Orient (CFPPO) La Commission des forêts et des parcours pour le Proche-Orient est une tribune politique et technique au sein de laquelle les pays de la région peuvent discuter et traiter des questions forestières au plan régional, donner des avis sur la formulation de la politique forestière et en examiner et coordonner la mise en œuvre à l'échelon régional.
• La Commission de la FAO pour la lutte contre le criquet pèlerin dans la région centrale. Le mandat principal de la CRC est de promouvoir la coopération et la coordination nationales, régionales et internationales dans la région et d’accorder une attention particulière au développement des capacités en matière de prospection et de lutte contre le Criquet pèlerin.