شغل السيد الواعر منصب أمين الهيئة العامة للبيئة (وزير البيئة) في حكومة ليبيا في طرابلس وانتخب رئيساً للمؤتمر الوزاري الأفريقي للبيئة (AMCEN) من 2004 إلى 2006.

في عام 2007، انضم إلى الاتحاد الأفريقي كمدير للموارد البشرية والعلوم والتكنولوجيا، وأصبح مديراً للإدارة وإدارة الموارد البشرية في 2009.

وخلال مسيرته المهنية في الاتحاد الأفريقي، أشرف د. الواعر على إنشاء العديد من المبادرات والمؤسسات الأفريقية الفريدة وتولى إدارتها.

وقبل انضمامه إلى الفاو، عمل مستشاراً لرئيس المناصرة والشراكات العالمية في البنك الإسلامي للتنمية في جدة في المملكة العربية السعودية، حيث كان أيضاً المتحدث الرسمي باسم البنك ومدير التعاون والشراكات والتكامل الإقليمي وتعبئة الموارد من عام 2014 حتى عام 2017. تم تعيينه أيضاً مبعوثاً (Sherpa) للبنك الإسلامي للتنمية إلى قمة مجموعة العشرين ورؤساء بنوك التنمية متعددة الأطراف.