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El Marco de Programación de País (MPP) fue desarrollado de manera conjunta entre el Gobierno de Panamá y la FAO, el cual está estrechamente vinculado con los objetivos del Marco de Cooperación para el Desarrollo de Naciones Unidas (MANUD).

El MPP establece tres áreas prioritarias: fortalecimiento institucional para mejorar la gestión del sector agropecuario, los marcos institucionales y las políticas públicas para la seguridad alimentaria y nutricional y la reducción de la pobreza; transformación del sector agropecuario para la innovación, el mejoramiento de la productividad y el fortalecimiento de la agricultura familiar y el desarrollo rural territorial; y fortalecimiento de las políticas ambientales, manejo de recursos naturales y adaptación al cambio climático. 

Además de estas tres áreas prioritarias, la FAO en Panamá trabaja con tres enfoques transversales: género, pueblos indígenas y juventud rural.