Su propósito fundamental es fortalecer las organizaciones sociales que buscan la transformación política, social y económica de la región, para profundizar la democracia, lograr el respeto de los derechos humanos, sostener la paz con justicia, y evitar la exclusión.

De manera más precisa, el CAFOLIS busca generar un espacio de encuentro a nivel nacional y regional entre instituciones y organizaciones sociales con experiencia, conocimiento e interés en la formación de líderes, con el propósito de constituir una red andina de formación de líderes, y de construir y validar un programa de formación que pueda ser empleado, adaptado o replicado por las organizaciones a nivel local.