Mantener cubierta la superficie del suelo es un principio fundamental en la agricultura de conservación. Los residuos de los cultivos se dejan sobre la superficie del suelo, pero puede ser necesario recurrir a cultivos de cobertura si el intervalo de tiempo entre la cosecha de un cultivo y el establecimiento del siguiente es demasiado largo. Los cultivos de cobertura mejoran la estabilidad del sistema de agricultura de conservación, no solo por el mejoramiento de las propiedades del suelo, sino también por su capacidad para favorecer una mayor biodiversidad en el ecosistema agrícola.

Mientras que los cultivos comerciales tienen un valor de mercado, los cultivos de cobertura se utilizan principalmente por sus efectos sobre la fertilidad del suelo o como forraje para el ganado. En regiones en las que se producen cantidades menores de biomasa, como las regiones semiáridas o las zonas con suelos erosionados y degradados, los cultivos de cobertura son beneficiosos porque:

• Protegen el suelo durante los períodos de barbecho.
• Movilizan y reciclan los nutrientes.
• Mejoran la estructura del suelo y rompen las capas compactadas y las suelas de compactación.
• Permiten una rotación en un sistema de monocultivo.
• Pueden usarse para controlar malezas y plagas.

Los cultivos de cobertura se utilizan durante los períodos de barbecho, entre la cosecha y la plantación de los cultivos comerciales, aprovechando la humedad residual del suelo. Su crecimiento se interrumpe antes de la siembra del siguiente cultivo o bien después de la siembra de este, pero antes de que comience la competencia entre los dos cultivos. Los cultivos de cobertura dinamizan la producción agrícola, pero a su vez presentan algunos desafíos.

Los cultivos de cobertura son útiles para:

• Proteger el suelo cuando no está cultivado.
• Suministrar una fuente adicional de materia orgánica para mejorar la estructura del suelo.
• Reciclar los nutrientes (especialmente el fósforo y el potasio) y movilizarlos en el perfil del suelo con el fin de facilitar su disponibilidad para los siguientes cultivos.
• Actuar como "labranza biológica" del suelo; las raíces de algunos cultivos, especialmente de crucíferas como el rábano oleaginoso, son pivotantes y capaces de penetrar capas compactadas o muy densas, incrementando la capacidad de percolación de agua del suelo.
• Utilizar los nutrientes fácilmente lixiviables (especialmente el nitrógeno [N]).

Las diferentes plantas, con sus diversos sistemas de raíces, exploran las diferentes profundidades del perfil edáfico y pueden tener la capacidad de absorber distintas cantidades de nutrientes y producir varios exudados de raíces (ácidos orgánicos) con un resultado beneficioso tanto para el suelo como para los organismos.

La presencia de una capa de recubrimiento orgánico (de vegetación muerta) en la agricultura de conservación inhibe la evaporación de la humedad del suelo y al mismo tiempo proporciona una mayor infiltración de agua en el perfil edáfico. El porcentaje de agua de lluvia que se infiltra en el suelo depende de la cantidad de cobertura proporcionada.

Puesto que los distintos cultivos de cobertura producen diferentes cantidades de biomasa, la densidad de los residuos varía con diferentes cultivos y, por ende, varía la capacidad de incrementar la infiltración de agua.

La cubierta vegetal es importante en la agricultura de conservación para proteger el suelo del impacto de las gotas de lluvia, así como para mantener el suelo bajo sombra y con el más alto porcentaje de humedad posible. Hemos visto su importancia para el reciclaje de nutrientes, pero también tienen un efecto físico y, probablemente, aleopático sobre las malezas, rebajando su incidencia y conduciendo a la reducción del uso de agroquímicos y, con ello, de los costos de producción.

Los residuos de rastrojo actúan como una capa protectora que amortigua la presión ejercida sobre el suelo por las ruedas de la maquinaria y las pisadas de los animales, y por lo tanto desempeñan un papel importante en la reducción de la compactación del suelo.