Водохранилища, которые строят для накопления воды, часто пагубно сказываются на продуктивности рыболовства: ниже по течению меняется режим водотока, выше вместо относительно мелкой проточной воды средой обитания водных организмов становится стоячая вода, причем глубина значительно увеличивается.  Строительство и эксплуатация плотин и водохранилищ часто осуществляются без учета вопросов продовольственной и пищевой безопасности и экономической ценности рыбного хозяйства. При должной эксплуатации многие миллионы небольших водохранилищ и соответствующие системы распределения поливной воды открывают широчайшие возможности для увеличения производства рыбы. Увеличения вылова и использования сопутствующих экономических возможностей можно добиться за счет активного управления эксплуатацией водохранилищ, плотин и систем распределения воды, нацеленного на развитие рыболовства как выше, так и ниже плотин. ФАО подготовила ряд материалов, содержащих рекомендации по эффективному использованию в рыбном хозяйстве водохранилищ и небольших водоемов.

В указанных материалах рассматриваются вопросы обеспечения связи между рекой и водохранилищем, в частности, за счет устройства в больших плотинах рыбоходных сооружений. Кроме того, подготовлены руководящие принципы восстановления сред обитания.