Диверсифицированные агроэкологические системы более устойчивы к внешним факторам, у них больше возможностей для восстановления после всякого рода потрясений, включая экстремальные погодные явления, такие как засухи, наводнения или ураганы, и для противостояния нашествиям вредителей и вспышкам болезней. После урагана "Митч" в Центральной Америке в 1998 году в диверсифицированных хозяйствах, включая агролесоводческие, практикующие контурное земледелие и выращивание покровных культур, удалось сохранить на 20–40 процентов больше верхнего слоя почвы, они меньше пострадали от эрозии и понесли меньшие экономические потери, чем соседние фермы, где выращивали традиционные монокультуры. 

За счет поддержания функционального баланса агроэкологические системы способны лучше противостоять болезням и нашествиям вредителей. Применение агроэкологических методов позволяет восстановить биологическую сложность сельскохозяйственных систем и способствует созданию системы взаимодействия живых организмов, способной самостоятельно регулировать нашествия вредителей. Диверсифицированные сельскохозяйственные ландшафты также обладают большим потенциалом для борьбы с вредителями и болезнями. 

Агроэкологические подходы могут также способствовать повышению социально-экономической устойчивости. За счет диверсификации и комплексного подхода производители снижают риски, которые были бы существенными, если бы они занимались только одним видом сельскохозяйственных культур, скота или продукции. Снижая зависимость от внешних факторов производства, агроэкология может уменьшить уязвимость производителей для экономических рисков. Экологическая и социально-экономическая устойчивость неразрывно связаны между собой: ведь люди являются неотъемлемым элементом экосистем.