Для поддержки перехода к устойчивым агропродовольственным системам агроэкология требует ответственного и эффективного регулирования. Для создания благоприятных условий, которые помогут производителям в преобразовании своих систем в соответствии с агроэкологическими концепциями и практикой, необходимы механизмы управления, обеспечивающие прозрачность, подотчетность и инклюзивность. В качестве успешных примеров можно привести программы школьного питания и государственных закупок, механизмы регулирования рынка, предусматривающие специальную маркировку продукции, произведенной агроэкологическим способом, а также системы субсидий и стимулов в отношении экосистемных услуг. 

Показательным примером является регулирование владения и пользования земельными и природными ресурсами. Источники дохода большинства малоимущих и социально уязвимых групп сельского населения в значительной степени зависят от наземного и водного биоразнообразия и экосистемных услуг, но гарантированного доступа к этим ресурсам такие категории населения не имеют. Агроэкология предполагает не только равноправный доступ к земле и природным ресурсам, что является ключевым фактором обеспечения социальной справедливости, но и стимулы для долгосрочных инвестиций, необходимых для сохранения почв, биоразнообразия и экосистемных услуг. 

Наиболее эффективную поддержку в деле развития агроэкологии оказывают механизмы ответственного регулирования на всех уровнях. Во многих странах уже разработаны национальные законодательства, меры политики и программы в области организации сельскохозяйственного производства, способствующие сохранению биоразнообразия и оказанию экосистемных услуг. Для укрепления сотрудничества между заинтересованными сторонами и достижения максимального синергетического эффекта при минимальных компромиссах чрезвычайно важны также механизмы управления, реализуемые на уровне территорий, ландшафтов и общин, в частности традиционные методы управления и модели, основанные на обычаях.