AquaCrop se ha desarrollado en tres formatos diferentes para satisfacer las necesidades de los usuarios:

• Programa estándar AquaCrop para Windows.
• Programa de plug-in AquaCrop: Al ejecutar el programa de plug-in, se lleva a cabo una lista de proyectos, predefinidos en la versión estándar de AquaCrop, y los resultados se almacenan en los archivos de salida. El programa de plug-in se puede utilizar en aplicaciones en las que requieren simulaciones iterativas, como el entorno GIS.
• AquaCrop-GIS: AquaCrop-GIS se ha diseñado para facilitar el uso del modelo AquaCrop cuando se necesita un gran número de simulaciones, simplificando la tarea de generar archivos de entrada y proyectos y la gestión de archivos de salida.