يشتمل مكتب المفتش العام على فرع المراجعة الداخلية وفرع التحقيق.

يقدّم فرع المراجعة الداخلية خدمات المراجعة الداخلية والاستشارات للمنظمة. ويساعد المنظمة على تحقيق أهدافها من خلال اتباع نهج منهجي ومنضبط لتقييم إدارة المخاطر والرقابة وعمليات الحوكمة الداخلية وتحسين فعاليتها. ويدير فرع المراجعة الداخلية عمله وفقًا للمعايير الدولية للممارسة المهنية للمراجعة الداخلية التي نشرها معهد مراجعي الحسابات الداخلية.

ويقوم فرع التحقيق بالتحقيق في مزاعم سوء السلوك المتعلقة ببرامج المنظمة وعملياتها. ويجري فرع التحقيقات عمليات التحقيق وفقًا للخطوط التوجيهية للتحقيقات في منظمة الأغذية والزراعة. وتستند هذه الخطوط التوجيهية إلى المبادئ والخطوط التوجيهية الموحّدة للتحقيقات التي اعتمدها وأقرّها مؤتمر المحققين الدوليين، الذي يضم مهنيين من المنظمات الدولية، بما في ذلك منظمات الأمم المتحدة والمؤسسات المالية الدولية.

ولكلا الفرعين دور رئيسي في دعم مبادرات الإصلاح التنظيمي. فعلى سبيل المثال، يدعم فرع المراجعة الداخلية بشكل فاعل مكتب الاستراتيجية والبرنامج والميزانية في تعزيز إدارة المخاطر المؤسسية وإعداد التقارير المتعلقة بالرقابة الداخلية في المنظمة. ويتعاون فرع التحقيق بشكل وثيق مع مكاتب أصحاب المصلحة الرئيسيين في مجال النزاهة، مثل مكتب الشؤون الأخلاقية، ومكتب أمين المظالم، وشعبة الموارد البشرية، ومكتب الشؤون القانونية، ومستشار الموظفين، ومكتب حالات الطوارئ والقدرة على الصمود لتعزيز المبادئ الأخلاقية والنزاهة ومنع الاحتيال والحماية من الاستغلال والاعتداء الجنسيين.