FAO opera en el país desde marzo de 1956, antes de que se estableciera formalmente la representación en 1978. Desde entonces, la organización ha orientado sus esfuerzos para fortalecer a El Salvador en la promoción del desarrollo de la agricultura, el medio rural, el apoyo a la adaptación al cambio climático y el fortalecimiento de las políticas públicas que permitan garantizar la seguridad alimentaria y nutricional.

A la fecha, se ha apoyado la ejecución de proyectos relacionados a la producción y manejo post cosecha, procesamiento y comercialización de productos agropecuarios y forestales; desarrollo pesquero; uso racional y conservación de los recursos naturales; desarrollo rural sostenible; seguridad alimentaria y nutricional y reducción de pobreza; y fortalecimiento del marco legal.

El trabajo de FAO se basa en un proceso participativo e integrador, enmarcado en un enfoque que propicia el desarrollo agropecuario, pesquero y forestal. Este enfoque integral, ha hecho posible cumplir los mandatos de la organización de trabajar con instituciones nacionales, bajo principios de desarrollo humano, sostenibilidad, género, de derecho, participación, intersectorialidad, interdisciplinaridad e institucionalidad.

Las grandes líneas de acción están contempladas en el documento Marco de Programación País para la cooperación de la FAO en El Salvador.