Au cours des deux premières phases, le programme FAO-UE FLEGT a fourni un appui technique et financier à plus de 200 projets dans près de 40 pays. En 2016, le programme a été prolongé pour une troisième phase, qui se poursuivra jusqu'en 2021 grâce aux financements de l'UE, du Royaume-Uni (DFID), de la Suède (SIDA) et de la FAO.

L’un des axes stratégiques prioritaires de la phase III est l’appui aux petites et moyennes entreprises forestières, qui emploient 20 millions de personnes dans le monde, avec l’objectif de les intégrer dans des chaînes de valeur légales et d’assurer leur participation à la gouvernance du secteur. D’autre part, le programme continuera à soutenir les associations et syndicats de sociétés forestières industrielles pour les accompagner dans la promotion de pratiques légales et durables et la reduction de déforestation liée aux produits de base pour une transition vers une économie plus responsable.

Cette troisième phase continuera à appuyer les institutions gouvernementales, les organisations de la société civile et du secteur privé dans la mise en œuvre de projets visant à améliorer la gouvernance forestière et à favoriser le commerce de bois d'origine légale. La phase III cible les pays producteurs de bois tropicaux engagés dans un processus pour la signature ou la mise en œuvre d’un Accord de Partenariat Volontaire (APV) avec l'UE, ainsi que d'autres pays producteurs de bois tropicaux engagés dans la mise en œuvre du plan d’action FLEGT de l’UE.