Los investigadores llaman biodiversidad "oculta" a estos organismos, que comprende una variedad de especies tan numerosa que resulta incalculable. Se trata de los microorganismos siguientes: levaduras, bacterias y hongos, visibles sólo con el microscopio; y los invertebrados: insectos, arañas y lombrices, todos ellos contribuyen de forma valiosa a los ecosistemas de los que depende la cadena alimentaria. Polinizan cultivos y árboles, reciclan nutrientes en los suelos, fermentan el pan y el queso, ayudan a los animales a digerir forrajes de lo contrario indigestos y, con una gestión adecuada, pueden proporcionar protección natural contra las plagas de plantas en los campos de los agricultores. Entre los microorganismos y los invertebrados se incluyen también los agentes patógenos y los vectores, los parásitos y las plagas que atacan a las plantas y los animales, y transportan y propagan enfermedades.
Los microorganismos y los invertebrados son sin duda indispensables para la agricultura y la producción de alimentos. Comprender y gestionar este segmento de la biodiversidad del mundo, así como reconocer sus aportaciones, son fundamentales para el desarrollo agrícola sostenible general.
Lamentablemente, incluso ahora que los científicos están descubriendo las numerosas funciones y valores de los microorganismos y los invertebrados, esta diversidad está siendo erosionada o se está perdiendo. Los cambios en el uso de la tierra y la consiguiente pérdida de hábitat, el uso de plaguicidas y fertilizantes, el cambio del clima y los consiguientes invasiones de especies exóticas, han alterado el equilibrio ecosistémico, debilitando la capacidad de microorganismos y los invertebrados para proveer numerosos y valiosos servicios ecosistémicos.