تُعدُّ زيادة كفاءة استخدام الموارد إحدى الخصائص الناشئة للنُظم الزراعية الإيكولوجية التي تخطط للتنوع وتديره بعناية من أجل تحقيق التآزر بين مختلف مكوّنات النظام. ويتمثل أحد التحديات الرئيسة التي تعترض الكفاءة على سبيل المثال في كون أقل من 50 في المائة من أسمدة النيتروجين التي تُضاف إلى الأراضي الزراعية في العالم تتحول إلى منتجات محصودة، في حين يتم فقدان ما تبقى منها في البيئة مؤدّيًا إلى مشاكل بيئية وخيمة.

>وتحسّن النُظم الزراعية الإيكولوجية استخدام الموارد الطبيعية، ولا سيّما الموارد الوفيرة والمجانية، مثل أشعة الشمس وانبعاثات الكربون في الغلاف الجوي والنيتروجين. وتمكّن المنتجون، من خلال تعزيز العمليات البيولوجية وإعادة تدوير الكتل الأحيائية والمغذيات والمياه، من استخدام كمّيات أقل من الموارد الخارجية، مما يقلّص التكاليف ويخفف من الآثار السلبية المترتبة على استخدامها في البيئة. وفي نهاية المطاف، يعزز الحدّ من الاعتماد على الموارد الخارجية قدرة المنتجين، من خلال زيادة استقلاليتهم وقدرتهم على الصمود في مواجهة الصدمات الطبيعية والاقتصادية.

ويتمثل أحد أساليب قياس كفاءة النُظم المتكاملة في استخدام معاملات التكافؤ بالمساحات الزراعية. وتقارن هذه العملية الغلات الناتجة عن زراعة أو تربية مكوّنين اثنين أو أكثر (كالمحاصيل أو الأشجار أو الحيوانات على سبيل المثال) مع الغلات الناشئة عن زراعة أو تربية المكونات نفسها في الزراعة الأحادية المحصول. وتُسجّل عادة النُظُم الزراعية الإيكولوجية المتكاملة معاملًا أعلى في معاملات التكافؤ بالمساحات الزراعية.

وتشجع الزراعة الإيكولوجية بالتالي النُظم الزراعية التي تنطوي على التنوع البيولوجي، والاجتماعي الاقتصادي، والمؤسسي الضروري، والتنسيق الزمني والمكاني من أجل تحقيق كفاءة أكبر.