تدعو الزراعة الإيكولوجية إلى انتهاج الحوكمة المسؤولة والفعّالة من أجل دعم التحوّل إلى نُظُم غذائية وزراعية مستدامة. وتُعدُّ آليات الحوكمة التي تتسم بالشفافية والمساءلة والشمول ضروريةً من أجل توفير بيئة تمكينية تدعم المنتجين لتحويل نُظُمهم وفقًا للمفاهيم والممارسات الزراعية الإيكولوجية. وتشمل الأمثلة عن السياسات التمكينية برامج التغذية المدرسية والمشتريات العامة، وأنظمة السوق التي تسمح بوضع علامة تجارية على المنتجات الزراعية الإيكولوجية المختلفة والإعانات والتحفيزات لخدمات النظام الإيكولوجي.

وتُعدُّ حوكمة الأراضي والموارد الطبيعية خير مثال على ذلك. ويعتمد معظم سكان الريف الفقراء والضعفاء اعتمادًا شديدًا على التنوع البيولوجي البرّي والمائي وعلى خدمات النُظم الإيكولوجية لكسب عيشهم، ومع ذلك فهم يفتقرون إلى إمكانية الانتفاع المأمون بهذه الموارد. وتعتمد الزراعة الإيكولوجية على الانتفاع المنصف بالأرض وبالموارد الطبيعية التي تُعدُّ رئيسية من أجل تحقيق العدالة الاجتماعية وإنما أيضًا على تحفيز الاستثمارات الطويلة الأجل الضرورية لحماية التربة والتنوع البيولوجي والنُظُم الإيكولوجي، وهي تدعم في الوقت عينه المجتمعات الأصلية والمحلية التي تغذّيها.

وتتمثل أفضل طريقة لدعم الزراعة الإيكولوجية في آليات الحوكمة المسؤولة على نطاقات مختلفة. وقد وضعت عدة بلدان تشريعات وسياسات وبرامج على المستوى الوطني تكافئ الإدارة الزراعية التي تعزز التنوع البيولوجي وتوفّر خدمات النظام الإيكولوجي. وتُعدُّ الحوكمة على مستوى الأراضي والمساحات الطبيعية والمجتمعات المحلية، على غرار نماذج الحوكمة التقليدية والعرفية على سبيل المثال، بالغة الأهمية من أجل النهوض بالتعاون بين الجهات الفاعلة وأصحاب المصلحة الأساسيين، مما يزيد من أوجه التآزر إلى أقصى حد بموازاة الحد من المقايضات أو إدارتها.