إن المخلّفات مفهومٌ بشريٌ لا وجود له في النُظم الإيكولوجية الطبيعية. وتدعم ممارسات الزراعة الإيكولوجية، من خلال العمل على غرار النُظم الإيكولوجية الطبيعية، العمليات البيولوجية التي تبعث على إعادة تدوير المغذيات والكتل الأحيائية والمياه في نُظم الإنتاج، مما يزيد من كفاءة استخدام الموارد ويحدّ من المخلّفات والتلوث.

ويمكن إجراء إعادة التدوير على نطاق المَزارع وفي المساحات الطبيعية على حد سواء، من خلال تنويع أوجه التآزر وتحقيقها بين المكوّنات والأنشطة المختلفة. ويمكن لنُظم الحراجة الزراعية التي تتضمن الأشجار العميقة الجذور على سبيل المثال أن تستفيد من المغذيات التي فُقدت بعد أن تجاوزت جذور المحاصيل السنوية. وتشجع نُظم المحاصيل والثروة الحيوانية إعادة تدوير المواد العضوية، من خلال تحويل روث الحيوانات إلى سماد أو استخدامه مباشرة كسماد، وتحويل بقايا المحاصيل والمنتجات الثانوية علفًا للمواشي. وتمثّل إعادة تدوير المغذيات زهاء 51 في المائة من القيمة الاقتصادية لجميع خدمات النظام الإيكولوجي غير المتعلّقة بتوفير المنتجات، وتؤدي عملية إدراج المواشي دورًا مهمًا في ذلك. وكذلك هو الحال في نُظم الأرُزّ والأسماك، إذ تساعد الحيوانات المائية في تخصيب محاصيل الأرُزّ والتخفيف من الآفات من خلال تقليص الحاجة إلى أسمدة خارجية أو مبيدات للآفات.

وتقدّم إعادة التدوير منافع متعددة من خلال إتمام الدورات والتخفيف من المخلّفات التي تسهم بدورها في الحدّ من الاعتماد على الموارد الخارجية، مما يعزز استقلالية المنتجين ويحدّ من تعرّضهم للمخاطر الناتجة عن الصدمات المناخية والصدمات في الأسواق. وتتيح إعادة تدوير المواد العضوية والمشتقات إمكانيات كبيرة للابتكارات الزراعية الإيكولوجية.