L'efficacité accrue de l'utilisation des ressources est une propriété émergente des systèmes agroécologiques qui planifient et gèrent soigneusement la diversité afin de créer des synergies entre les différentes composantes du système. Par exemple, l'un des principaux défis en matière d'efficacité est que moins de 50 % des engrais azotés ajoutés aux terres cultivées dans le monde sont convertis en produits récoltés, le reste se perdant dans l'environnement, ce qui entraîne des problèmes écologiques majeurs.

Les systèmes agroécologiques améliorent l'utilisation des ressources naturelles, en particulier celles qui sont abondantes et gratuites, comme le rayonnement solaire, le carbone atmosphérique et l'azote. En améliorant les processus biologiques et en recyclant la biomasse, les nutriments et l'eau, les producteurs sont en mesure d'utiliser moins de ressources externes, ce qui réduit les coûts et les effets négatifs de leur utilisation sur l'environnement. En fin de compte, la réduction de la dépendance à l'égard des ressources externes renforce les producteurs en augmentant leur autonomie et leur résistance aux chocs naturels ou économiques.

L'une des façons de mesurer l'efficacité des systèmes intégrés est d'utiliser les ratios d'équivalence en terre (LER). Le LER compare les rendements de deux ou plusieurs éléments (par exemple, des cultures, des arbres, des animaux) avec les rendements de ces mêmes éléments en monoculture. Les systèmes agroécologiques intégrés affichent souvent des LER plus élevés.

L'agroécologie promeut donc des systèmes agricoles dotés de la diversité biologique, socio-économique et institutionnelle nécessaire et alignés dans le temps et l'espace pour favoriser une plus grande efficacité.