Les déchets sont un concept humain - ils n'existent pas dans les écosystèmes naturels. En imitant les écosystèmes naturels, les pratiques agroécologiques soutiennent les processus biologiques qui favorisent le recyclage des nutriments, de la biomasse et de l'eau au sein des systèmes de production, augmentant ainsi l'efficacité de l'utilisation des ressources et minimisant les déchets et la pollution.

Le recyclage peut avoir lieu à la fois au niveau de l'exploitation et au sein des paysages, grâce à la diversification et à la création de synergies entre les différents composants et activités. Par exemple, les systèmes agroforestiers qui comprennent des arbres à enracinement profond peuvent capter les éléments nutritifs perdus au-delà des racines des cultures annuelles. Les systèmes de culture et d'élevage favorisent le recyclage des matières organiques en utilisant le fumier pour le compostage ou directement comme engrais, et les résidus et sous-produits des cultures comme aliments pour le bétail. Le cycle des nutriments représente 51 % de la valeur économique de tous les services écosystémiques non liés à l'approvisionnement, et l'intégration du bétail joue un rôle important à cet égard. De même, dans les systèmes riz-poisson, les animaux aquatiques contribuent à fertiliser les cultures de riz et à réduire les parasites, ce qui diminue la nécessité d'utiliser des engrais ou des pesticides externes.

Le recyclage offre de multiples avantages en fermant des cycles et en réduisant les déchets, ce qui se traduit par une moindre dépendance à l'égard des ressources extérieures, une plus grande autonomie des producteurs et une réduction de leur vulnérabilité aux chocs du marché et du climat. Le recyclage des matières organiques et des sous-produits offre un grand potentiel d'innovations agroécologiques.