Les systèmes agroécologiques diversifiés sont plus résistants - ils ont une plus grande capacité à se remettre des perturbations, y compris des événements climatiques extrêmes tels que la sécheresse, les inondations ou les ouragans, et à résister aux attaques des ravageurs et des maladies. À la suite de l'ouragan Mitch qui a frappé l'Amérique centrale en 1998, les exploitations biodiversifiées (agroforesterie, agriculture en courbes de niveau et cultures de couverture) ont conservé 20 à 40 % de terre arable en plus, ont subi moins d'érosion et ont enregistré des pertes économiques moindres que les exploitations voisines pratiquant des monocultures conventionnelles.

En maintenant un équilibre fonctionnel, les systèmes agroécologiques sont mieux à même de résister aux attaques des ravageurs et des maladies. Les pratiques agroécologiques rétablissent la complexité biologique des systèmes agricoles et favorisent la communauté d'organismes en interaction nécessaire à l'autorégulation des épidémies de ravageurs. À l'échelle du paysage, les paysages agricoles diversifiés ont un plus grand potentiel pour contribuer aux fonctions de contrôle des ravageurs et des maladies.

Les approches agroécologiques peuvent également renforcer la résilience socio-économique. Grâce à la diversification et à l'intégration, les producteurs réduisent leur vulnérabilité en cas de défaillance d'une seule culture, d'une seule espèce de bétail ou d'un seul produit de base. En réduisant la dépendance à l'égard des intrants externes, l'agroécologie peut réduire la vulnérabilité des producteurs et les risques économiques. L'amélioration de la résilience écologique et socio-économique va de pair - après tout, l'homme fait partie intégrante des écosystèmes.