Los residuos son un concepto humano, no existen en los ecosistemas naturales. Al imitar los ecosistemas naturales, las prácticas agroecológicas apoyan los procesos biológicos que impulsan el reciclaje de nutrientes, biomasa y agua dentro de los sistemas de producción, aumentando así la eficiencia en el uso de los recursos y minimizando los residuos y la contaminación.

El reciclaje puede tener lugar tanto a escala de la granja, como dentro de los paisajes, mediante la diversificación y la creación de sinergias entre los distintos componentes y actividades. Por ejemplo, los sistemas agroforestales que incluyen árboles de raíces profundas pueden capturar los nutrientes que se pierden más allá de las raíces de los cultivos anuales. Los sistemas agropecuarios promueven el reciclaje de materiales orgánicos utilizando el estiércol para el compostaje o directamente como fertilizante organico, y los residuos y subproductos de las cosechas como alimento para animales. El ciclo de los nutrientes representa el 51% del valor económico de todos los servicios ecosistémicos no relacionados con el suministro y la integración de la ganadería desempeña un papel importante para ello. Del mismo modo, en los sistemas arroz-pescado, los animales acuáticos ayudan a fertilizar el cultivo de arroz y a reducir las plagas, reduciendo la necesidad de insumos externos de fertilizantes o pesticidas.

El reciclaje aporta múltiples beneficios al cerrar ciclos y reducir residuos que se traducen en una menor dependencia de recursos externos, aumentando la autonomía de los productores y reduciendo su vulnerabilidad a las perturbaciones del mercado y del clima. El reciclaje de materiales y subproductos orgánicos ofrece un gran potencial para las innovaciones agroecológicas.