Los sistemas agroecológicos diversificados son más resilientes: tienen una mayor capacidad para recuperarse de las perturbaciones, incluidos los fenómenos meteorológicos extremos como la sequía, las inundaciones o los huracanes; y para resistir el ataque de plagas y enfermedades. Tras el huracán Mitch en Centroamérica en 1998, las fincas biodiversas, incluyendo la agrosilvicultura, la agricultura en contorno y los cultivos de cobertura retuvieron entre un 20% y un 40% más de capa superficial del suelo, sufrieron menos erosión y experimentaron menores pérdidas económicas que las fincas vecinas que practicaban monocultivos convencionales.

Al mantener un equilibrio funcional, los sistemas agroecológicos son más capaces de resistir el ataque de plagas y enfermedades. Las prácticas agroecológicas recuperan la complejidad biológica de los sistemas agrícolas y fomentan la comunidad necesaria de organismos interactuantes para autorregular los brotes de plagas. A escala del paisaje, los paisajes agrícolas diversificados tienen un mayor potencial para contribuir a las funciones de control de plagas y enfermedades.

Los enfoques agroecológicos pueden mejorar igualmente la resiliencia socioeconómica. Mediante la diversificación y la integración, los productores reducen su vulnerabilidad en caso de que falle un solo cultivo, especie ganadera u otro producto básico. Al reducir la dependencia de insumos externos, la agroecología puede reducir la vulnerabilidad y el riesgo económico de los productores. La mejora de la resiliencia ecológica y socioeconómica van de la mano: al fin y al cabo, los seres humanos son parte integrante de los ecosistemas.