ՊԳԿ-ի և Հայաստանի միջև համագործակցությունը հիմնված է շուրջ երեք տասնամյակների վստահելի փոխհամագործակցության և երկրի գյուղատնտեսական պարենային համակարգերի և բնական ռեսուրսների կառավարման ամրապնդմանն ուղղված համատեղ ջանքերի վրա: 1993 թվականին ՊԳԿ-ին միանալուց ի վեր, Հայաստանը սերտորեն համագործակցել է կազմակերպության հետ՝ դիմակայուն գյուղատնտեսությունը զարգացնելու, կայուն գյուղական զարգացումը խթանելու և անտառների, հողերի և կենսաբազմազանության կառավարումը բարելավելու ուղղությամբ: Այս երկարատև գործընկերությունը արտացոլվում է 2026-2030 թվականների երկրի ծրագրային շրջանակում, որը սահմանում է առավել թարմացված և հեռանկարային օրակարգ՝ ավելի խորը համագործակցության հասնելու նպատակով:

ՊԳԿ-ի հայաստանյան ներկայացուցչության գրասենյակը համագործակցում է Հայաստանի Հանրապետության կառավարության հետ՝ ազգային զարգացման առաջնահերթությունները և Կայուն զարգացման նպատակների իրագործումն առաջ մղելու համար: Էկոնոմիկայի նախարարության հետ համագործակցությունը կենտրոնանում է գյուղատնտեսության, պարենային անվտանգության և գյուղական կենսապահովման վրա, Շրջակա միջավայրի նախարարության հետ աշխատանքը իր հերթին նպաստում է կայուն անտառատնտեսությանը, կենսաբազմազանության պահպանմանը և կլիմայական առումով խելամիտ գործողություններին: ՊԳԿ-ն նաև համագործակցում է Տարածքային կառավարման և ենթակառուցվածքների նախարարության հետ տեղական զարգացման և համայնքների դիմակայունության բարձրացմանն ուղղված հարցերի շուրջ, ինչպես նաև Աշխատանքի և սոցիալական հարցերի նախարարության հետ՝ գյուղատնտեսական պարենային համակարգերում սոցիալական ներառման և գենդերային հավասարության խթանման ուղղությամբ: