El manejo de malezas es un tema complejo, y para los productores que han incursionado en la agricultura de conservación (AC), esto no es una excepción. Sin embargo, el disminuir la labranza del suelo puede apoyar a la reducción de los bancos de semillas esto aunado al desarrollo de una cobertura con los residuos del cultivo anterior. Por ejemplo, una planta de quelite (Chenopodium album) es capaz de producir 100 mil semillas, el movimiento del suelo la distribuye ampliamente y al ser plantas con una gran tolerancia al estrés por agua y calor, su poder de supervivencia es mayor. Al minimizar las prácticas de labranza y con el apoyo de una cobertura ayudamos a minimizar el efecto de malezas, en conjunto con los diferentes tipos de manejo.

En condiciones de temporal, una de las principales razones de la intensa competencia de malezas tiene que ver con la lluvia, ya que aunque llueva mucho o poco y se afecte el crecimiento del cultivo, las malezas se las arreglan para crecer más rápido y ocasionar daños al cultivo en emergencia. Si en estas condiciones se siembra bajo AC y no usamos una cantidad adecuada de rastrojo, después de la cosecha el suelo queda vulnerable y habrá suficiente oportunidad para que crezca la maleza. Además, a consecuencia de la fertilidad residual y la humedad, se producen semillas y se liberan compuestos químicos que afectan el crecimiento de los cultivos en temporadas siguientes.