Al haber comunidades de suelo tan diversas se torna difícil de encontrar métodos para categorizar todo que existe en él. A nivel básico el tamaño puede ser una medida útil aunque se tiene que reconocer la presencia de fases juveniles o estadios de larvas lo cual se pueden diferenciar del adulto y encontrarse en distintos hábitats.

Se puede obtener más información al comparar la morfología ante los estándares o tipos de especies mediante la implementación a un  nivel bruto inicial para la descripción de familias siguiendo la descripción general y eventualmente las especies al obtener más información. Este nivel de información requiere un conocimiento técnico específico y una familiaridad con  los organismos. La mayoría de los métodos utilizados no se pueden transferir a otros grupos. Por ejemplo, la descripción de las especies microbianas se basa principalmente en información bioquímica y fisiológica en lugar de la anatomía bruta en donde los artrópodos como ejemplo se hacen énfasis en el entorno de morfología e historia del ciclo vital del organismo. 
La facilidad en cual el ADN se puede secuenciar ha contribuido con la evaluación de la biodiversidad en unos métodos más eficaz aunque también existen dificultades como en la definición de las especies.