提高资源利用效率是农业生态系统的新特点，精心规划管理多样性，促进不同的系统组成部分协同增效。例如，一项关键的效率挑战是，全球耕地中添加的氮肥只有不到50%转化为收获产品，其余都流失到环境中，造成了严重的环境问题。

生态农业系统改善自然资源使用，尤其是丰富且免费的资源，例如太阳辐射、大气中的碳和氮等。通过强化生物学过程以及生物质、养分和水循环，生产者能够更少使用外部资源，降低成本及其使用对环境产生的负面影响。归根结底，减少对外部资源的依赖，能够增强生产者的自主性，提高抵御自然或经济冲击的能力。

衡量综合系统效率的一种方法是使用土地当量比。土地当量比将两种或两种以上成分（如作物、树木、动物）的产量与单一种植相同成分的产量进行比较。综合生态农业系统的土地使用效率往往较高。

因此，生态农业促进农业系统拥有必要的生物、社会经济和制度多样性，并在时间和空间上协同增效，支持提高效率。