废物是人类特有的概念，在自然生态系统中并不存在。生态农业做法模仿自然生态系统，支持生物过程，推动生产系统内养分、生物量和水循环利用，从而提高资源利用效率，最大限度减少废物和污染。

通过不同组成部分和活动之间的多样化和协同作用，能够在农场范围和景观内进行循环利用。例如，包括深根树木在内的农林系统能够吸收一年生作物根部流失的养分。作物-畜牧系统将粪便用于堆肥或直接用作肥料，并将作物秸秆和副产品用作牲畜饲料，促进了有机物循环利用。在所有非供应性生态系统服务实现的经济价值中，养分循环占51%，畜牧业在其中发挥着重要作用。同样，在鱼稻共生系统中，水生动物帮助稻米作物施肥，并减少有害生物，从而降低对外部化肥或农药投入品的需求。

回收利用通过封闭式循环和减少浪费带来多重益处，降低对外部资源的依赖，提高生产者自主性，降低对市场和气候冲击的脆弱性。有机材料和副产品循环利用为农业生态创新带来巨大潜力。