Комиссия обычно проводит свою очередную сессию раз в два года. С согласия Совета ФАО она также может принять решение о проведении внеочередной сессии, если это необходимо.

Секретариат Комиссии подготавливает рабочие и информационные документы к каждой сессии. Кроме того, иногда Секретариат поручает подготовить научные обзоры по отдельным вопросам, представляющим интерес для Комиссии.

Заседания межправительственных технических рабочих групп проводятся по мере необходимости, но не чаще одного раза в год. На своих заседаниях рабочие группы рассматривают вопросы, связанные с биологическим разнообразием в соответствующей их компетенции области, с целью предоставления Комиссии консультаций и рекомендаций.