تعد حقوق المزارعين ضرورية لضمان الحفظ والاستخدام المستدام للموارد الوراثية النباتية للأغذية والزراعة وبالتالي لتحقيق الأمن الغذائي – حالياً وفي المستقبل. في المادة 9، تعترف المعاهدة الدولية بالاسهام الهائل الذي قدمته المجتمعات المحلية والأصلية والمزارعون في جميع أقاليم العالم - ولا سيما أولئك الذين هم في مراكز المنشأ والتنوع المحصولي – وسوف يواصلون تقديمه من أجل صون وتنمية الموارد الوراثية النباتية التي تشكل قاعدة الإنتاج الغذائي والزراعي في مختلف أنحاء العالم. وتترك المعاهدة مسؤولية تنفيذ حقوق المزارعين على عاتق الحكومات الوطنية، وتسرد التدابير التي يمكن اتخاذها لحماية هذه الحقوق وتعزيزها وإعمالها، بما في ذلك:

•  الاعتراف بالاسهام الهائل الذي قدمته المجتمعات المحلية والأصلية والمزارعون في جميع أقاليم العالم ومازالوا يقدمونه لأجل صياتة وتنمية الموارد الوراثية النباتية (المادة 1.9) ؛
• حماية المعارف التقليدية ذات الصلة بالموارد الوراثية النباتية للأغذية والزراعة (المادة 2.9.أ) ؛
• الحق في المشاركة المتكافئة في اقتسام المنافع الناشئة عن استخدام الموارد الوراثية النباتية للأغذية والزراعة (المادة 2.9.ب) ؛
•  الحق في المشاركة في صنع القرارات، على المستوى القطري، بشأن المسائل المرتبطة بصيانة الموارد الوراثية النباتية للأغذية والزراعة واستخدامها المستدام (المادة 2.9. ج) ؛
•  وحق المزارعين في ادخار واستخدام وتبادل وبيع البذور المدخرة في المزرعة/مواد الإكثار، وفقاً للقوانين القطرية وحسبما يكون ذلك ملائماً (المادة 3.9).