Lors du Sommet Mondial sur le Développement Durable qui s’est tenu en 2002 à Johannesburg, en Afrique du Sud, et en réponse aux évolutions globales qui sapent les bases de l’agriculture familiale et des systèmes agricoles traditionnels, l’Organisation pour l’Alimentation et l’Agriculture (OAA) des Nations-Unies a lancé l’Initiative pour un Partenariat Global relative à la conservation et à la gestion évolutive des « Systèmes Ingénieux du Patrimoine Agricole Mondial ».

Depuis lors, en utilisant diverses ressources financières extrabudgétaires, de nombreux projets pour aider les pays membres à identifier et à conserver les sites SIPAM ainsi que l'organisation de conferences regionales, nationales et internationales, de séminaires, d'ateliers pour accompagner les pays intéressés et pour diffuser le concept de SIPAM ont été menés. À la suite de ces activités, le nombre de sites reconnus comme SIPAM a augmenté et le programme a acquis une reconnaissance considérable tant au niveau national qu'international. 

Au niveau mondial, le programme SIPAM a suscité l'intéret lors de divers forums intergouvernementaux. Au niveau national, il a contribué à l'adoption de politiques qui intègrent le patrimoine agricole dans les programmes de développement agricole. Il a également joué un rôle dans la promotion de l'utilisation durable de la biodiversité et des ressources génétiques pour l'alimentation et l'agriculture, la protection des systèmes de savoirs traditionnels, la culture et, plus important encore, la création d'un pont vers un avenir durable.

Gagnant en reconnaissance et en visibilité, la 148e session du Conseil de la FAO a décidé que l'initiative SIPAM devrait bénéficier du statut formel de programme dans le cadre de la FAO et a ainsi lancé le début des demarches pour l'inscrire au sein de l'Organisation. Cette initiative a été discutée dans plusieurs organes, y compris lors de la 24ème session du COAG en 2014 qui a finalement abouti  positivement lors de la 39e Conférence de la FAO en 2015. En reconnaissant l'initiative comme programme de la FAO,  celui-ci bénéficie de ressources allouées par la FAO pour soutenir les activités de base de la programme SIPAM lors des années 2016 et 2017. Le reste des activités du Programme seront principalement financées grâce aux fonds extrabudgétaires. 

Par ailleurs, la gouvernance et les modalités de fonctionnement du programme SIPAM ont été simplifiées pour faciliter la transparence et la conduite des différentes étapes de désignation des SIPAM par la création d'un nouveau Groupe consultatif scientifique (SAG) qui a initié ses activités depuis 2016 pour une période de deux ans. Le Groupe consultatif scientifique (SAG) a tenu sa reunion d'inauguration les 22 et 23 Février. Le SAG fournit des avis scientifiques sur le programme et la conduite désignation SIPAM des sites SIPAM.