Certains programmes s’appuient sur des estimations générales des résultats, basées sur des expériences réalisées ailleurs, et sur l’hypothèse qu’une activité donnée produit un résultat donné. Un tel niveau de suivi permet à un programme de se dérouler rapidement et à moindre coût, mais avec moins de garantie sur les résultats.

Ce niveau de suivi fonctionne bien lorsque le changement attendu au niveau environnemental est de faible envergure, et que l’idée est plus de récompenser l’agriculteur pour un comportement déjà positif plutôt que de l’inciter à l’améliorer. Cela pourrait être le cas par exemple lorsque les bénéfices en matière de carbone d’un projet de conservation sont estimés simplement en calculant le potentiel de séquestration des principales espèces d’arbres.

Les méthodes basées sur les activités pour mesurer, notifier et vérifier (MNV) utilisent souvent une estimation des niveaux de référence concernant les pratiques de gestion des terres, et se concentrent principalement sur l’adoption de meilleures pratiques. Les nouvelles alternatives de gestion des terres dérivent d’expériences se déroulant dans d’autres endroits et présentant des caractéristiques similaires. Certaines méthodologies comprennent aussi des échantillonnages sur le terrain, pour le service écosystémique en question, dans certaines exploitations agricoles afin d’étalonner les niveaux de référence et d’améliorer leurs degrés de précision. Les vérifications se font par des échantillons aléatoires, comparés ensuite avec les données rassemblées par les agriculteurs.

Ces méthodes comprennent des échantillonnages sur le terrain aléatoires plus fréquents pour vérifier les résultats, avec un meilleur degré de précision. Des méthodes d’échantillonnage, de modélisation et d’autres encore sont utilisées et comparées aux niveaux de références afin d’estimer les services écosystémiques supplémentaires résultant de la mise en œuvre de meilleures pratiques agricoles. Ces méthodes sont souvent utilisées lorsque les bénéficiaires des services écosystémiques ont besoin de justifier de façon plus précise leur investissement, comme dans le cas des réductions obligatoires de gaz à effet de serre, d’une exigence particulière concernant la qualité de l’eau ou d’un besoin de conformité avec les mesures de compensation de la biodiversité. Cette méthodologie est appliquée dans le cadre d’accords à petite échelle ayant une haute sensibilité en matière de services écosystémiques, tels que dans le cas d’une source d’eau à grande valeur, ou d’un hotspot de biodiversité important.