Согласно статье 19, Управляющий орган является высшим органом Международного договора. В его состав входят представители Договаривающихся Сторон, а основной функцией является содействие полному осуществлению Международного договора, включая предоставление руководящих указаний по осуществлению.
Управляющий орган проводит очередные сессии не менее одного раза в каждые два года. Все решения Управляющего органа принимаются консенсусом, если только путем консенсуса не определен иной метод принятия решений по определенным мерам. Все поправки к Международному договору и его приложениям принимаются только на основе консенсуса. На своей первой сессии, которая состоялась в Мадриде, Управляющий орган принял Правила процедуры.
Цели
Управляющий орган оказывает содействие в том, чтобы:
a) обеспечивать директивное руководство и давать указания в области мониторинга и принятия таких рекомендаций, которые необходимы для осуществления Международного договора и, в частности, для функционирования Многосторонней системы;
b) принимать планы и программы для осуществления Международного договора;
c) принять на своей первой сессии и периодически пересматривать стратегию финансирования для осуществления Международного договора в соответствии с положениями статьи 18;
d) принимать бюджет Международного договора;
e) рассматривать и учреждать, в зависимости от наличия необходимых средств, такие вспомогательные органы, которые могут потребоваться, а также их соответствующие мандаты и состав;
f) создать в случае необходимости соответствующий механизм, такой как доверительный счет, для получения и использования поступающих на него финансовых ресурсов для целей осуществления Международного договора;
g) устанавливать и поддерживать сотрудничество с другими соответствующими международными организациями и договорными органами, включая в частности Конференцию Сторон Конвенции о биологическом разнообразии, по вопросам, на которые распространяется Международный договор, включая их участие в стратегии финансирования;
h) рассматривать и принимать по мере необходимости поправки к Международному договору в соответствии с положениями статьи 23;
i) рассматривать и принимать по мере необходимости поправки к Международному договору в соответствии с положениями статьи 24;
j) изучать способы реализации стратегии для поощрения добровольных взносов, в частности в отношении статей 13 и 18;
k) выполнять такие прочие функции, которые могут быть необходимы для достижения целей Международного договора;
l) принимать к сведению соответствующие решения Конференции Сторон Конвенции о биологическом разнообразии и других соответствующих международных организаций и договорных органов;
m) информировать в соответствующих случаях Конференцию Сторон Конвенции о биологическом разнообразию и другие международные организации и договорные органы о вопросах, связанных с осуществлением Международного договора; и
n) утверждать условия соглашений с международными центрами сельскохозяйственных исследований и другими международными учреждениями согласно положениям статьи 15, а также пересматривать и корректировать соглашение о передаче материала согласно статье 15.
Каждая Договаривающаяся Сторона имеет один голос и может быть представлена на сессиях Управляющего органа одним делегатом, которого может сопровождать заместитель, а также эксперты и советники. Для обеспечения кворума необходимо присутствие делегатов, представляющих большинство Договаривающихся Сторон.