Elle veille au respect des normes techniques en vigueur et les normes réglementaire en matière de SPS. Elle est chargée : De la protection sanitaire des végétaux et de leurs produits ; Du contrôle sanitaire des plantes et des différents produits végétaux, notamment les graines, les boutures, les tubercules et les racines  à l’entrée et à la sortie du territoire national ; De la surveillance des populations de déprédateurs par l’implantation et la mise en œuvre d’un réseau national de stations de surveillance et d’avertissements agricoles ; De la définition et de l’exécution des actions de lutte contre les déprédateurs des cultures en relation, notamment avec les populations rurales ; De la mise au point de méthodes de lutte intégrée adaptées aux zones écologiques du pays ; De la formation et de l’information phytosanitaire des acteurs du monde rural (encadreurs, organisations paysannes, comités de lutte villageois) ; De l’élaboration et de l’application en liaison avec les structures concernées, des textes législatifs et réglementaires sur les produits phytosanitaires et la lutte contre les ennemis des cultures et des récoltes ; Du suivi des relations avec les organismes nationaux et internationaux intervenant en matière de protection des végétaux ; Du suivi de l’élaboration et de la mise en œuvre des programmes de recherche agricole en matière de protection des végétaux, en relation avec les structures concernées.
elle a pour mission principale de veiller au respect de la réglementation en vigueur dans la fabrication et la commercialisation des produits alimentaires. Ainsi elle assure : le contrôle des produits alimentaires au stade de l’importation, de la fabrication locale, ainsi que le contrôle et le suivi des produits alimentaires au niveau des circuits de distribution ; la délivrance à l’importation de la Déclaration d’Importation des Produits Alimentaires (DIPA), un document obligatoire au dédouanement de tout produit alimentaire. La délivrance de la DIPA est assujettie à une procédure rigoureuse qui intègre un contrôle documentaire et un contrôle physique ainsi que des analyses en laboratoire des produits ; la délivrance de l’autorisation de fabrication et de commercialisation de produits alimentaires (AUT FRA) pour la fabrication locale de produits alimentaires ;
Elle est chargée de : la protection zoo sanitaire par la mise en œuvre du Système national de Surveillance épidémiologique, de prophylaxie médicale et sanitaire contre les maladies animales ; - l’élaboration et de l’application de la politique nationale dans le domaine de la santé animale et de la santé publique vétérinaire ; - l’élaboration et de la mise en application de la réglementation dans le domaine de la profession et de la pharmacie vétérinaires, en matière de sécurité sanitaire des aliments d’origine animale et, en relation avec la Direction de l’Élevage, de la qualité des aliments destinés aux animaux ; - la liaison avec les organismes spécialisés nationaux, régionaux et mondiaux dans le domaine de la santé animale et de la santé publique vétérinaire ; - la gestion de l’importation et de la certification vétérinaire à l’exportation des animaux et des produits d’origine animale (semences, œufs, viandes, embryons etc.).
Elle est chargée : De l’application des normes relatives aux conditions d’implantation des établissements de transformation ainsi que des normes requises pour les navires, avant l’attribution d’un agrément ; De l’inspection technique et sanitaire des établissements, navires et structures connexes; De la gestion des agréments délivrés aux établissements et structures connexes; Du contrôle de qualité et de la certification des produits de la pêche à l’exportation ainsi que de l’application du concept ADMPC (Analyse des dangers et maîtrise des points critiques) sur toute la filière de transformation ; Des statistiques relatives aux exportations et aux importations des produits de la pêche et de l’aquaculture ; De l’appui à la conception des plans de masses pour l’installation ou la modification des unités de traitement et structures connexes ; De l’audit technique des unités de traitement et des structures connexes.
Il est chargé d'assurer: l’éducation des populations en matière d’hygiène et de salubrité publique ; — le respect et l’exécution de la législation et de la réglementation en matière d’hygiène dans les agglomérations urbaines et en zone rurale ; — la recherche et la constatation des infractions en matière d’hygiène ; — la surveillance aux frontières et le contrôle de la circulation des personnes en matière d’hygiène sanitaire ; — l’assistance aux autorités administratives dans le domaine de l’hygiène et de la salubrité publique