Функции Секретаря описаны в статье 20 Международного договора.
Секретарь:
а) организует подготовку и административную поддержку сессий Управляющего органа и любых вспомогательных органов, которые могут быть учреждены;
b) оказывает помощь Управляющему органу в выполнении его функций, включая выполнение конкретных задач, которые могут быть на него возложены по решению Управляющего органа;
c) докладывает о своей деятельности Управляющему органу.
Кроме того, Секретарь доводит до сведения всех Договаривающихся Сторон и Генерального директора решения Управляющего органа в течение шестидесяти дней после их принятия и информацию, полученную от Договаривающихся Сторон.
Согласно положениям Международного Договора, Секретарь сотрудничает с другими организациями и договорными органами, включая, в частности, Секретариат Конвенции о биологическом разнообразии, в достижении целей Договора.
Нынешним секретарем Международного договора является д-р Кент Ннадозие, занимающий эту должность с 1 октября 2016 года.